氟塑料磁力泵在使用过程中必须按指示片方向开机动转，严禁倒转及空转这是必须严格执行的操作，与传统密封泵相比，磁力泵具有维护维修工作量小，但由于其自身的特点使其在许多地方又与传统离心泵不同，因此日常对泵体和电机进行监测和检查是必须和必要的，这样既可以第一时间发现问题又可以对泵体进行及时的维修和更换易损零件；氟塑料磁力泵在运行中泵的轴向力由水力自动平衡，推动盘只在启动和停止时承受瞬时的轴向推力作用，所以要在工艺、安装、操作等方面采取一些措施和途径来保证它的可靠平稳运行，并严格保证在使用时外围环境温度不超过40℃，电机温升不超过75℃。
若氟塑料磁力泵若在很长一段时间停机不用，应将泵内流道清洗干净并且切断电源再给泵体加盖一层防尘罩。